1.依據109年11月2日修訂之「公司或有限合夥事業研究與發展支出適用投資抵減辦法」(以下簡稱研發投抵辦法)第13條規定，研發投資抵減費用是不包括政府補助款及研究發展單位產生之收入在內，且應以稅捐稽徵機關核定數為準。

2.「A+企業創新研發淬鍊計畫—專案類計畫」所規範之經費科目編列標準及查核原則，與前述研發投抵辦法各條所規範之科目及認列規定不盡相同。例如「A+企業創新研發淬鍊計畫—專案類計畫」核定的人員薪資，所包含之研發人員並不限於研發部門專職人員，但研發投資抵減費用要求必須為專職研發人員，兩者之規定不盡相同。

3.公司申請研發費用投資抵減時，請依109年11月2日修正公布之研發投抵辦法第14條「公司或有限合夥事業從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內，檢附與申請適用投資抵減之支出項目相關文件，向中央目的事業主管機關申請認定其當年度研究發展活動是否符合第2條至第4條規定。

公司或有限合夥事業依「公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法」申請適用投資抵減，依辦法第13條規定，得適用投資抵減之研究發展支出，不包括政府補助款在內。因此，申請時所計算之研發費用須扣除政府補助款。此外，依研究發展支出適用投資抵減辦法所稱研究發展之支出與本計畫可報支的項目、金額計算方式不盡相同，例如，總經理的薪資在本計畫可依工時投入比例，計算得報支之人事費，但依研究發展支出適用投資抵減辦法，其薪資費用限專門從事研究發展工作全職人員之薪資，而總經理顯然不是專門從事研究發展工作全職人員，因此不能列為申請投資抵減的研發費用，其他科目在報支規定上也有差異，因此通常狀況下本計畫之自籌款不等於得申請投資抵減之研發費用，公司如欲瞭解抵減之詳細規定，可至北區國稅局網站(https://www.ntbna.gov.tw)查詢相關法令，或利用免費服務電話0800-000321洽詢。

公司所領取的補助款應列入「其他收入」並課徵營利事業所得稅。

依據財政部88/3/16台財稅第881905078號函，依「促進企業開發產業技術辦法」，該辦法所補助之計畫，除契約另有約定外，其研發成果歸受補助者所有。故民營事業依上開辦法規定向政府請領研發計畫補助款，如其研究成果全部歸受補助者所有，則該項補助款尚非屬因銷售勞務而取得，不屬於營業稅課稅範圍，可免開立統一發票；至其研究成果如約定歸補助單位所有或雙方共同擁有者，則該項補助款核屬銷售勞務而取得之代價，仍應依規定開立統一發票並報繳營業稅。故廠商向政府領取之該項補助款，非因銷售貨物或勞務而取得，非屬營業稅課稅範圍。依據「經濟部協助產業創新活動補助及輔導辦法」第20條規範，凡依本辦法所補助計畫，其研發成果歸受補助人所有，故廠商所取得之補助款不屬營業稅課稅範圍，可免開立統一發票及免徵營業稅。(補助計畫之依據現已由「促進企業開發產業技術辦法」修定為「經濟部促進企業研究發展補助辦法」)

依據財政部91/6/26台財稅第0910453835號函，民營事業依據行政院核定之「促進企業開發產業技術辦法」向政府請領研發補助款，如其研究成果全部歸受補助者所有，則該項補助款尚非屬因銷售勞務而取得，不屬於營業稅課稅範圍，可免開立統一發票；至其研究成果如約定歸補助單位所有或雙方共同擁有者，則該項補助款核屬銷售勞務而取得之代價，仍應依規定開立統一發票並報繳營業稅，前經財政部88.3.16台財稅第881905078號函覆在案。本案如係多家公司共同執行研發計畫，其研究成果如由共同執行公司擁有，則受補助之共同執行公司所領取之補助款，核非屬營業稅課稅範圍，可免開立統一發票。

依據「計畫管理作業手冊」規範，補助款係先撥入主導廠商再由其轉撥，在帳務上屬於代收代付，依據財政部95.6.29台財稅字第09500189620號函，補助計畫聯合申請案主導企業取得之補助款，如屬代收代付性質者，於轉付其他共同申請企業時免予扣繳，惟應轉開免扣繳憑單。

依據財政部95.6.29台財稅字第09500189620號函，受補助企業繳回剩餘補助款時，原撥付或代為撥付款項單位尚無更正原已摯發之免扣繳憑單金額問題。

若專戶產生利息收入100元，銀行代扣稅款10元，公司將100元利息收入繳還經濟部，會計分錄如下。
1.產生利息收入100元，銀行代扣稅款10元
借：銀行存款 90
　　預付稅款 10
　　貸：利息收入 100
借：利息費用 100
　　貸：應付費用 100
2.公司開立100元支票將利息收入繳還計畫管理單位
借：應付費用 100
　　貸：應付票據 100
3.假設公司當年度結算後無所得，預付稅款10元可申請退回
借：應收退稅款 10
　　貸：預付稅款 10
(銀行所代扣的稅款於年底時會開立扣繳憑單給公司)

•参與本計畫工時統計表
•創新或研發人員之人事費明細表
•顧問、專家費明細表
•消耗性器材或原材料費明細表
•創新或研究發展設備之使用費明細表
•創新或研究發展設備之維護費明細表
•無形資產之引進、委託研究或驗證費
•差旅費明細表
•經費彙總表及補助款、自籌款分攤計算表
•消耗性器材或原材料實際用量明細表及計畫預定用量比較表(參考表)
•設備使用記錄表(參考表)

每個月經費彙總表及補助款、自籌款分攤計算表所結算出之本月實支數分配數，即為應填入工作報告中各月經費累計表中補助與自籌款之金額。