公司或有限合夥事業依「公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法」申請適用投資抵減，依辦法第13條規定，得適用投資抵減之研究發展支出，不包括政府補助款在內。因此，申請時所計算之研發費用須扣除政府補助款。此外，依研究發展支出適用投資抵減辦法所稱研究發展之支出與本計畫可報支的項目、金額計算方式不盡相同，例如，總經理的薪資在本計畫可依工時投入比例，計算得報支之人事費，但依研究發展支出適用投資抵減辦法，其薪資費用限專門從事研究發展工作全職人員之薪資，而總經理顯然不是專門從事研究發展工作全職人員，因此不能列為申請投資抵減的研發費用，其他科目在報支規定上也有差異，因此通常狀況下本計畫之自籌款不等於得申請投資抵減之研發費用，公司如欲瞭解抵減之詳細規定，可至北區國稅局網站(https://www.ntbna.gov.tw)查詢相關法令，或利用免費服務電話0800-000321洽詢。

(1)依據109年11月2日修訂之「公司或有限合夥事業研究與發展支出適用投資抵減辦法」(以下簡稱研發投抵辦法)第13條規定，研發投資抵減費用是不包括政府補助款及研究發展單位產生之收入在內，且應以稅捐稽徵機關核定數為準。
(2)「A+企業創新研發淬鍊計畫—前瞻技術研發計畫」所規範之經費科目編列標準及查核原則，與前述研發投抵辦法各條所規範之科目及認列規定不盡相同。例如「A+企業創新研發淬鍊計畫—前瞻技術研發計畫」核定的人員薪資，所包含之研發人員並不限於研發部門專職人員，但研發投資抵減費用要求必須為專職研發人員，兩者之規定不盡相同。
(3)公司申請研發費用投資抵減時，請依109年11月2日修正公布之研發投抵辦法第14條「公司或有限合夥事業從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內，檢附與申請適用投資抵減之支出項目相關文件，向中央目的事業主管機關申請認定其當年度研究發展活動是否符合第2條至第4條規定。

如公司制度年終獎金分3節發放，則可合併列入年終獎金列報。前述3節獎金需為公司所發放，如由職工福利委員會所發放者，因不屬於公司之薪資費用，故不得列入報支。

該專用章需包含：經濟部(技術處)補助、計畫名稱(若採簡稱須足以辦認計畫別)、專用章字樣、計畫主持人字樣(聯合申請案之聯盟廠商為協同或分項計畫主持人)及計畫主持人(或協同或分項計畫主持人)姓名，請參考會計作業常見問題知識庫附件範例。

依據「計畫管理作業手冊」規定，於計畫結束後或經計畫管理單位通知專案計畫契約終止或解除，於聯輔基金會通知進行期末經費查核時，請將補助款專戶辦理結清(銷戶)。

依據「計畫管理作業手冊」專戶查核規定，「計畫執行結束，財團法人台灣中小企業聯合輔導基金會(以下簡稱聯輔基金會)通知進行期末經費查核時，請將補助款專戶辦理結清(銷戶)」。且依規定非屬專案之款項亦不得存入該專戶，該專戶亦無法提供其他運用，因此專案結束後專戶應辦理結清銷戶作業。

(1) 專案計畫年度最後1期或計畫結束前最後1期工作報告，專案計畫執行廠商應計算結餘款，併同工作報告開立即期支票辦理繳庫。

(2) 年度及全程帳務查核後，計畫管理單位應依據查核報告，通知專案計畫執行廠商辦理補助款結餘款應繳庫數、調整數應繳庫數、利息應繳庫數。廠商應併同支票於函文所指定期限內辦理繳庫。

可以

只要當月底溢領情形仍然存在，即計算1個月之罰款，按月計罰。

不可於補助款撥款存入專戶後即1次提領，應依據經費動支月報表所結算之補助款金額，於次月按月提領，若有溢領之部分將以臺灣銀行該年度1月1日基本放款利率之2倍，按月計算罰款(不足1個月亦以1個月計算)繳交國庫。