依據「計畫管理作業手冊」規範，補助款係先撥入主導廠商再由其轉撥，在帳務上屬於代收代付，依據財政部95.6.29台財稅字第09500189620號函，補助計畫聯合申請案主導企業取得之補助款，如屬代收代付性質者，於轉付其他共同申請企業時免予扣繳，惟應轉開免扣繳憑單。
